أكدت الأبحاث العلمية التي أجراها المركز القومي للبحوث علي فوائد الزعتر في حالات تقلصات الأمعاء والمعدة كما أثبتت مدي فعاليته في أمراض الجهاز التنفسي مثل السعال الديكي والالتهابات الشعبية والربو وفي هذه الحالة يفضل الزعتر علي إسالة المخاط الشعبي مما يسهل طرده للخارج كما يهدئ الشعب الهوائية ويلطفها.
كذلك له تأثير في تقوية عضلات القلب ويمنع تصلب الشرايين ويعالج التهابات المسالك البولية.
ومن أهم فوائده أيضاً أنه فاتح للشهية ويعمل علي تنبيه المعدة وطرد الغازات ويساعد علي الهضم وامتصاص المواد الغذائية كما أن مادة “الثيمول” الموجودة بالزعتر تعمل علي قتل الميكروبات وطرد الطفيليات من المعدة كما أن مادة “الكارفكرول” مسكنة ومطهرة وطاردة للبلغم ومضادة للنزيف والإسهال كما أن الزعتر طارد للديدان والأمبيبا المسببة للدوسنتاريا في فترة قصيرة وبين جراثيم القولون كما أن الزعتر له تأثير مضاد للأكسدة ومنبه للذاكرة ويعتبر منشطاً ممتازاً لجلد الرأس ويمنع تساقط الشعر ويكثفه كما أنه عامل مهم في معالجة التهابات الحلق والحنجرة.